Никону поручается принимать подаваемые царю челобитные и докладывать о всех случаях злоупотребления властью, хищениях казенного имущества и тому подобных преступлениях. При докладах Никон нередко предлагал царю готовые решения. Между царем и Никоном сложились доверительные отношения, еще более укрепившиеся после участия Никона (уже в качестве новгородского митрополита) в подавлении Новгородского восстания 1650 г. Когда умер патриарх Иосиф, Никона пригласили в Москву и 25 июля 1652 г. возвели в сан патриарха.
Во время торжественной церемонии царь обязался чтить патриарха во всех духовных делах «как начальника и пастыря и отца крайнейшего». Никон приступил к церковным реформам, считая, что это поможет поднять авторитет Русской церкви.
По его приказу строится, по образцу восточных, сразу три новых монастыря: Иверский, Крестовый, Воскресенский (Новый Иерусалим). Главная церковь монастыря Святого Воскресения строилась по плану церкви, созданной в Иерусалиме благоверной и христолюбивой императрицей Еленой, матерью императора Константина, над Голгофой.
Новый Иерусалим, по мысли патриарха, должен был стать духовным центром мирового православия и объединить под своей сенью русских, греков, сербов, болгар, православных выходцев из Речи Посполитой, Кавказа, представителей всех стран и народов. Строительство грандиозного храма должно было стать делом всенародным, а Новый Иерусалим — богатейшей обителью в России и во всем православном мире.
На проведение реформ Никона подталкивали международные связи и необходимость развития культуры. В 1648 г. в Москве посольство гетмана Богдана Хмельницкого объявило о намерении Войска Запорожского войти в состав России.
В беседе с Арсением Сухановым в 1649 г. Хмельницкий заверял, что «грецы и сербы и болгары и волоки и мунтяны» хотят освободиться от турецкого ига и для них война России за свободу Украины-Малороссии будет началом борьбы за независимость.
Вхождение Украины в состав России означало объединение русской и украинской церквей.
(В перспективе такое объединение могло включить и балканские церкви.) Но для объединения церквей следовало унифицировать обрядовую практику.
Одним из первых шагов к унификации обрядовой практики стало распоряжение Никона (1653 г.) творить поклоны в церквах только в пояс и креститься тремя пальцами.
Это противоречило постановлению Стоглавого собора: «Иже кто не знаменается двемя персты да есть проклят». Все привычное враз рухнуло: не только церковь, но и общество оказалось в глубоком и трагическом расколе.
Двуперстное крестное знамение, по некоторым предположениям, возникло с момента московской централизации, обусловившей переход древнерусской теологии от почитания Богородицы к почитанию Христа.
Два перста знаменовали две природы, две воли сына Божия.
За три столетия в народном сознании культ Христа приобрел настолько сильное влияние, что воспринимался едва ли не в качестве единственной опоры евангельского учения, безотносительно к догмату Троицы.
Поэтому понятно, насколько прочно срослось с таким восприятием Христа двуперстие.
Вслед за этим в 1654 г. появляется патриарший указ о том, чтобы посадские люди и жители волостей сами намечали кандидата на место приходского священника.
Такой священник должен быть «и не пьяница, и не зерник, и не тать, и не разбойник, и не душегуб, и креста на суде не целовал, и в боярском дворе в холопех и крестьянех не бывал», не моложе 30 лет, грамотный и «церковному правилу искусен». В дьяконы разрешалось посвящать лиц, которые достигли 25-летнего возраста.
Для учета новопоставленных священников заводятся специальные книги.